平菇常见的虫害有菇蝇、菇蚊、螨类、线虫、跳虫、蛞蝓，它们产卵子培养料中，幼虫在培养料中繁殖，为害菌丝体，引起培养料腐烂，成虫如夜蛾类也啃吃平菇柄和菌丝体，并传播病原菌。此外，整个栽培及出菇过程要做好预防。老鼠吃菇种爬乱床料或咬烂菇筒袋也是导致减产的问题。
　　预防措施：注意环境卫生，种菇前菇房内外清洗干净，并用福尔马琳，敌敌畏或菊脂类药喷射，或用烟雾剂熏蒸后才进房播种、接种；床栽用的塑料膜及其它用具要在用之前消毒好，用后及时清理，打扫干净接种时所掉下的残物，要关好门窗，有条件的装上窗纱网，减少昆虫及鼠害入侵。
　　治疗措施：菇床上局部出现青霉及绿霉等霉菌种杂菌时，可在杂菌表面撒让石灰或多菌灵原粉，或用棉花沾些高锰酸钾水溶液盖于杂菌上，抑制杂菌生长，出现罹病的平菇要及时摘除，出现虫害时及时用菊脂类或菇虫净或其它低毒药杀灭。
　　注意是出菇期喷药最好要采完一批菇在无菇时喷药，以免农药残留对人体吃菇有影响，以及预防对小菇的影响，容易造成畸形。