有机种子是专门为从事有机栽培的农场或客户生产的、完全不采用化学处理（NCT）的农作物种子。近年来，有机栽培在欧洲各国发展很快。

有机种子的生产与常规种子生产有一定差别。生产有机种子，不仅要关注种子生产的有机化，还必须注意育种的有机化。

育种有机化包括两个阶段：第一阶段，主要选择杂交用的育种亲本。要求在有机栽培条件下，选择对病虫害抗性很强、且产量较高的育种材料作为亲本材料。第二阶段，基于有机栽培建立一个特别的杂交育种程序，要求杂交种子在大田种植要有强大的根系、较强的抗病虫能力及与恶性杂草竞争能力。

种子生产有机化，除要求在种子生产田中完全采用有机栽培技术外，还包括在种子后处理中完全采用“有机”处理方法。